Als eerste chef van het Bouwdepartement werd benoemd de toenmalige stadsarchitect, de heer J.A. Voigt, bekend als de bouwer van het Torengebouw (ministerie van Financiën). Van 1856 tot 1912 heeft het department zo geheten. Bij verordening van 29 mei 1912 (G.B. 1912, no. 48) werd ingesteld het ambt van Directeur van het Departement van Openbare Werken en Verkeer. De heer A. May was de eerste minister van het Departement (1948-1949).

Omstreeks 1967 werd het nodig geacht om voor een betere functionering van het departement over te gaan tot het aanstellen van twee directeuren, die elk een zelfstandig Directoraat onder hun leiding kregen. Ook werd de naam van het Departement tijdelijk veranderd in Bouwwerken, Verkeer en Waterstaat. In 1982 werd de naam veranderd naar Openbare Werken, Telecommunicatie en Bouwnijverheid. Hierna veranderde de naam naar het Ministerie van Openbare Werken, Transport en Communicatie. De huidige naam is het Ministerie van Openbare Werken, waarvan Riad Nurmohamed nu de minister is.

Het hoofdkantoor/directoraat/ministerie is vanaf de instelling van het departement gehuisvest geweest aan de Kleine Waterstraat. In 1974 brandde het gebouw af en verhuisde de minister naar het pand op de hoek van de Waterkant en de Mr. Dr. J.C. de Mirandastraat. 

In 1982 werd het nieuwe, huidige kantoor van het departement aan de Mr. J. Lachmonstraat (voorheen Coppenamestraat) in gebruik genomen. Per heden bestaat het ministerie uit 4 directoraten: Civieltechnische Werken, Bouw- en Stedebouwkundige Werken, Openbaar Groen & Afvalbeheer en Onderzoek en Dienstverlening.