Tijdens zijn bewind werden eind jaren 80 in de havenstad de eerste wolkenkrabbers gebouwd aan het Weena. Het stadsbestuur brak daarmee met de heersende stelregel dat nieuwbouw niet hoger mocht zijn dan het Hilton-hotel. De beslissing zette de toon voor de huidige skyline van de stad. In de jaren 90 werd de hoogbouw voortgezet met de grootschalige ontwikkeling van de Kop van Zuid.

Begin 2000 trad hij af vanwege de 'bonnetjesaffaire', waarin hij ervan werd beschuldigd dat hij gemeentegeld had gebruikt voor privézaken. Na een jarenlange juridische strijd werd Peper in het gelijk gesteld, maar zijn politieke carrière was voorbij.

PvdA-voorzitter Esther-Mirjam Sent reageert bedroefd op Pepers dood. "Tijdens mijn laatste bezoek aan hem stond zijn deur wagenwijd open. Hij sprak bezorgd over de afbraak van de overheid en pleitte juist voor een sterke staat. Opmerkzaam, slim en betrokken. We gaan je missen, Bram." PvdA-partijleider Kuiken spreekt van een zeer verdrietig bericht.

Ook premier Rutte zegt zeer bedroefd te zijn door het overlijden van Peper. "Er zal altijd een Rotterdam voor en na zijn tijd zijn. Hij maakte van Rotterdam een van de modernste steden ter wereld. Hij was een kundig bestuurder en goede vriend", meldt hij op Twitter.